近年来，济宁医学院附属医院在济宁市科技局的支持下，加快临床医学研究中心的建设，积极打造高质量临床研究平台，不断提高科研创新能力，经过省市科技主管部门遴选答辩、专家评审、公示等程序，济宁医学院附属医院获得3个山东省临床医学研究中心分中心，分别是山东省免疫疾病与痛风临床医学研究中心分中心、山东省眼科角膜疾病临床医学研究中心分中心、山东省耳鼻喉疾病临床医学研究中心分中心。

济宁市建设山东省临床医学研究中心分中心，有利于加快新技术、新知识和先进适宜技术的普及推广，提升临床医学科技创新能力，促进临床医学成果转化，助力医养健康产业高质量发展，实现特色疾病和临床专科的区域覆盖和辐射发展，真正让鲁西南地区群众享受到创新成果，为健康济宁战略目标的实现提供有力的科技支撑；各分中心将严格执行山东省临床医学研究中心的布局规划、运行管理规定，紧密围绕本领域疾病防治的临床医学科技创新需求，搭建基层医疗机构的协同创新研究网络，做好资源整合、协同研究、技术应用与服务等工作，提高医院的疾病诊疗水平，增强基层医疗机构的服务能力，推进医疗服务均质化，更好地满足济宁及其周边地区的人民群众对健康生活的美好追求。